神智学は、様々な宗教や思想を一つの真理の下で統合することを目指しているので、その中では、当然、様々な宗教や神秘主義が扱われることになり、例えば、古代エジプトの神秘主義、ヘルメス思想、ギリシャ哲学、キリスト教、新プラトン主義、グノーシス主義、カバラ、ヴェーダ、バラモン教、ヒンドゥー教、ヨーガ、仏教、ゾロアスター教、フリーメーソン、薔薇十字団、魔術、錬金術、占星術、心霊主義、神話、などが様々な文脈の中で引用されたり語られたりしている。
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その主張によると、神秘主義やオカルトの奥義は、それが支配する力の大きさや危険性から、どの時代においても一部の選ばれた少数の人間にのみ伝授され守られてきたという。神秘主義やオカルトに関する知識は、自分自身の内的な認識、超能力、神秘体験、霊覚、直接的な観察などによって得られるとされるが、神秘主義の思想家達は、古代のエジプトやインドの賢者達も含めて、外部の様々な現象を分析し客観性や合理性を重視する実証主義的な現代の科学者達よりもある意味では優れた認識や理解を持っているという。
そのような神秘の奥義を伝授されている人間は、一般的に「秘教への参入者」と呼ばれるが、その中でも特に奥義を体得している者達は、様々な超常的な力（物質化、テレパシーなど）を持っていたり、肉体を通常よりもかなり長い期間に渡って維持していたり、宇宙の諸現象の理解や人類への愛の面で卓越していたりするという。